El Ministerio de Instrucción y Culto dispuso en el año 1896, la creación de la cátedra de “Sociología”, en la Facultad de Letras de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, con el objeto de incentivar la modernización del país, según el acuerdo entre el rector de aquel entonces Francisco García-Calderón Landa, el presidente Nicolás de Piérola y Mariano Hilario Cornejo, quien se encargó de la cátedra.
La cátedra es asumida luego y continuada por Carlos Wiesse, quien la asume en 1908; y Roberto Mac Lean y Estenós, quien le sigue desde 1928 hasta 1953. No es posible reducir la reflexión sociológica sólo a la reflexión realizada desde los medios académicos. Desde fines del Siglo XIX y especialmente en las primeras décadas del Siglo XX, es desplegada fuera del medio académico una reflexión sociológica desde y sobre el Perú, a través de aportes como los de Manuel González Prada, Clorinda Matto, José Carlos Mariátegui, Víctor Raúl Haya de la Torre, Víctor Andrés Belaúnde.
Décadas después y luego de un periodo de represión y amedrentamiento promovido por sucesivas dictaduras militares que cortan la profusa y creativa reflexión sociológica fuera del medio académico, son desenvueltos aportes como los de François Bourricaud, quien llega al Perú bajo los auspicios de la UNESCO, para asumir el dictado de cursos de sociología en la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, entre los años 1953 y 1956.
El afianzamiento institucional de la Sociología es logrado a través de la creación del Instituto de Sociología en 1956. El cual será reemplazado posteriormente con la fundación del Departamento de Sociología en 1961 al interior de la Facultad de Letras. El gobierno militar promulgó, en el año 1969, el Decreto Ley Nº 17437, a través del cual suprimió las antiguas facultades y departamentos. Por esta razón, el Departamento de Sociología pasa a formar parte del Departamento de Ciencias Histórico-Sociales, que agrupa a los docentes de las secciones de Sociología, Antropología (que incluía Arqueología), Historia, Geografía y la Escuela de Trabajo Social. Igualmente, es creada la Dirección de Programas Académicos de Ciencias Sociales, donde se incluyen a las y los docentes de los ex departamentos de Sociología, Antropología, Geografía, Historia y la ex-Escuela de Servicio Social.
La Ley Universitaria Nº 23733, promulgada en el año 1983, vuelve a crear los departamentos y facultades. Por esta razón, en el Estatuto de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, aprobado el 24 de septiembre del año 1984, se crea la Facultad de Ciencias Sociales que integra a las escuelas académico-profesionales de Sociología, Antropología, Arqueología, Historia y Trabajo Social y sus respectivos departamentos académicos. La Ley Universitaria Nº 30220, promulgada en el año 2014, norma la creación de escuelas profesionales y departamentos académicos y determina que en el Estatuto de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, aprobado el 6 de junio del año 2016, se establezca la creación de la Escuela Profesional de Sociología y el Departamento Académico de Sociología, ambos integrantes de la Facultad de Ciencias Sociales.