La enseñanza de la arqueología en la Universidad Nacional Mayor de San Marcos se inició en la Facultad de Letras y Ciencias Humanas, en donde desde el año de 1913 hasta 1947 el Dr. Julio César Tello enseñó diferentes cátedras.
Una segunda etapa se inició en 1956, con la creación del Instituto de Etnología y Arqueología en la Facultad de Letras, en el cual se formaron los primeros arqueólogos de la profesión.
En 1961 se crea el departamento de Antropología con dos especialidades, Antropología y Etnología, dentro de la Facultad de Letras y Ciencias Humanas.
En 1969 se promulgó la nueva Ley Universitaria Nº 17437, con la cual nace el departamento de Ciencias Histórico Sociales, donde la Antropología y Arqueología se convierten en dos secciones fusionadas. En 1975, Arqueología es separada de Antropología y se convierte en programa de Arqueología.
En 1984 se promulga el Estatuto de la UNMSM, bajo la ley N.º 2733 y la RR: 78337, en cuyo artículo, N.º 38, se crean 17 facultades, dentro de ellas la Facultad de Ciencias Sociales, con cinco (5) escuelas, siendo una de ellas, la Escuela Académica Profesional de Arqueología.
A partir del 2014 con la nueva Ley Universitaria 30220 y el nuevo Estatuto Universitario, la Escuela pasó a llamarse Escuela Profesional de Arqueología.